Kriege finden immer zwischen zwei einzelnen Allianzen statt, sprich, wenn zwei Allianzen im Krieg liegen, tun dies ihre Verbündeten nicht auch automatisch. Es spricht aber nichts dagegen, dass sich auch diese kreuz und quer den Krieg erklären. Allianzen, die im Krieg liegen können gegeneinander zwei Flottenkommandos einsetzen, die sonst nicht zur Verfügung stehen: Erobern und Aufmarschieren.
Eine erobernde Flotte setzt, nachdem sie die Verteidigungseinheiten und Flotten des angegriffenen erlegt hat, ihre mitgebrachten Marineinfanteristen auf dem Planeten aus (dazu gibt es eine eigene Schiffsklasse, den Truppentransporter). Diese Bodentruppen bleiben so lange im Einsatz, wie die Flotte im Orbit verbleibt und versuchen die dortigen Gebäude zu zerstören.
Die Anzahl der pro Tag im Durchschnitt zerstörten Gebäudestufen errechnet sich hierbei aus dem Quotienten von mitgebrachten Infanteristen und vorhandener Verteidigungsstreitkräfte. Die Anzahl der Marineinfanteristen berechnet sich aus der Anzahl und Größe der Truppentransporter, und der Größe des Militärlagers/Militärakademie des Angreifers. Die Stärke der Verteidigungsstreitkräfte aus Festungsanlage und Militärakademie des Angegriffenen. Ein unbewachter Planet wird also recht schnell runtergeputzt, wenn eine größere Streitmacht vorbeikommt. Ein Planet mit reichlich Verteidigungsstreitkräften bleibt recht lange ungeschoren. Für jede Gebäudeart gibt es ein Minimallevel, unter das es nicht zerstört werden kann. Bunker und geschützte Lager können z.B. gar nicht, Raumstationen völlig vernichtet werden.
Da die Invasionsflotte im Orbit verbleibt, kann sie während des Eroberungsfeldzuges von Flotten der Verteidiger angegriffen und vernichtet werden. Somit ist eine Eroberung eine recht riskante Veranstaltung, da die Flotte ziemlich lange im Orbit bleiben muss, und somit ein gefundenes Fressen darstellt. Auf Planeten, auf denen eine Eroberung stattfindet, ist die Produktion komplett gedrosselt, so dass nichts produziert wird, es können auch keine Flotten erstellt werden. Der Planet kann aber nach wie vor angeflogen werden.
Um auch schwachen und Massenallianzen eine Chance zu geben, können Flotten im Kriegsfalle gemeinsam angreifen. Dazu werden sie durch das Kommando "Aufmarschieren" im Orbit des anzugreifenden Planeten geparkt. Sie beteiligen sich dann automatisch an allen Invasionen von verbündeten Flotten auf diesen Planeten. Es kann allerdings nur immer eine Flotte schließlich einmarschieren, so dass die maximale Anzahl an Marineinfantristen beschränkt bleibt. Genauso ist es möglich Hilfsflotten zu einem befreundeten Planeten zu schicken, diese verbleiben im Orbit und greifen im Falle eines beliebigen Angriffs ein. Die helfenden Flotten können natürlich in beiden Fällen auch durch einen Hinterhalt direkt angegriffen werden.
Ein Krieg beginnt immer mit der Kriegserklärung einer der Parteien, und endet mit der Kapitulation oder der Auflösung einer der Allianzen. Kriegshandlungen sind erst 24 Stunden nach Kriegserklärung möglich, um der angegriffenen Allianz eine Chance zur Verteidigung zu geben. Damit nun nicht ständig Kriege gegen schwächere erklärt werden, oder diese gleich durch Kapitulation des Opfers beendet werden, sind diese Operationen mit Kosten belegt.
Eine Kriegserklärung oder die Kapitulation der angegriffenen Partei kostet eine Tagesproduktion der Allianz an Rohstoffen oder 2% des gesamten Flottenwertes (was immer mehr ist). Diese Summe wird nach der Kapitulation der siegreichen Partei als Punkte gutgeschrieben. Ein Krieg gegen eine stärkere Allianz bietet also ein gutes Preis-/Leistungsverhältniss, der gegen eine schwächere Allianz ist ziemlich teuer, und bringt kaum Chancen auf Punktgewinne. Die Geschichte hinter diesen Kosten ist eine galaktische Föderation, die keine Kriege zulässt. Da diese aber wie jede Behörde durch und durch korrupt ist, kann man die örtlichen Beamten durch angemessene Summen zum weg- oder hinschauen bewegen.
Um Kostenmanipulationen durch Söldnerheere zu verhindern (sprich Allianz erklärt mit einigen Mitgliedern einen günstigen Krieg, und holt sich dann Unterstützung) kann eine Allianz, die einen Krieg erklärt hat, solange keine Mitglieder mehr aufnehmen, bis der Krieg beendet ist. Dies gilt natürlich nicht für das Opfer, dieses kann sich beliebig Hilfe holen.